Concordance analysis between different methodologies used for identification of oral isolates of Candida species / Análisis de concordancia de diferentes metodologías para la identificación de aislamientos orales de especies de Candida

Abstract Background: The yeasts species determination is fundamental not only for an accurate diagnosis but also for establishing a suitable patient treatment. We performed a concordance study of five methodologies for the species identification of oral isolates of Candida in Colombia. Methods: Sixty-seven Candida isolates were tested by; API® 20C-AUX, Vitek®2 Compact, Vitek®MS, Microflex® and a molecular test (panfungal PCR and sequencing). The commercial cost and processing time of the samples was done by graphical analysis. Results: Panfungal PCR differentiated 12 species of Candida, Vitek®MS and Microflex® methods identified 9 species, and API® 20C-AUX and Vitek®2 Compact methods identified 8 species each. Weighted Kappa (wK) showed a high agreement between Panfungal PCR, Vitek®MS, Microflex® and API® 20C-AUX (wK 0.62-0.93). The wK that involved the Vitek®2 Compact method presented moderate or good concordances compared with the other methods (wK 0.56-0.73). Methodologies based on MALDI TOF MS required 4 minutes to generate results and the Microflex® method had the lowest selling price. Conclusion: The methods evaluated showed high concordance in their results, being higher for the molecular methods and the methodologies based on MALDI TOF. The latter are faster and cheaper, presenting as promising alternatives for the routine identification of yeast species of the genus Candida.

Resumen Introducción: La clasificación a nivel de especies de las levaduras del género Candida de origen clínico es fundamental para el diagnóstico y la instauración de un adecuado tratamiento para el paciente. Se realizó un estudio de concordancia de cinco metodologías usadas para la identificación de aislamientos orales de Candida spp en Colombia. Métodos: Sesenta y siete aislamientos de Candida spp fueron identificados a nivel de especie utilizando; API® 20 C AUX‚ Vitek® 2 Compact, MALDI TOF (Vitek® MS y Microflex®) y una prueba molecular, PCR Panfungal y secuenciación. Un análisis del costo comercial y tiempo de procesamiento de las muestras por cada método fue realizado mediante el análisis gráfico de ambas variables. Resultados: La PCR Panfungal y secuenciación diferenció 12 especies de Candida‚ los métodos Vitek® MS y Microflex® identificaron 9 especies y los métodos API® 20 C AUX y Vitek® 2 Compact identificaron 8 especies. El análisis de Kappa ponderado (wK) demostró una concordancia alta entre los métodos PCR Panfungal y secuenciación‚ Vitek® MS‚ Microflex® y API® 20 C AUX‚ concordancias agrupadas en las categorías buena y muy buena (wK 0.62 - 0.93); los Kp que involucraron el método Vitek® 2 Compact presentaron concordancias moderadas o buenas frente a los otros métodos (wK 0.56 - 0.73). Las metodologías basadas en MALDI TOF MS requirieron 4 minutos para generar un resultado y el método Microflex® fue el método que en nuestro medio presentó el menor precio de venta del servicio. Conclusión: Los métodos evaluados presentaron una alta concordancia en sus resultados‚ siendo más alta para los métodos moleculares y las metodologías basadas en MALDI TOF MS; estas últimas son metodologías más rápidas, económicas y precisas, las cuales se presentan como alternativas prometedoras para la identificación rutinaria de especies de levaduras del género Candida.

Epidemiología de la tinea capitis: 19 años de experiencia en un laboratorio clínico especializado en Colombia / Epidemiology of tinea capitis: A 19 years' experience in a Colombian, specialized clinical laboratory

Introducción: En la literatura colombiana son escasos los reportes acerca de la epidemiología de la tinea capitis. Objetivo : Realizar un estudio retrospectivo para describir el comportamiento de esta micosis y de sus agentes etiológicos, en una serie de pacientes remitidos a un centro de diagnóstico especializado en Medellín, Colombia. Métodos : Estudio retrospectivo donde se analizaron los registros de pacientes remitidos entre los años 1994 y 2013 para estudio micológico a la Unidad de Micología Médica y Experimental de la Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB), en Medellín, Colombia. Resultados : Fueron analizados 415 pacientes con sospecha clínica de tinea capitis, 133 (32%) de los cuales fueron confirmados por el laboratorio. La mayoría de los pacientes positivos, 124/133 (93%), fueron menores de edad y 89/133 (67%) correspondieron al sexo masculino. En 52 de los 133 casos comprobados se pudo determinar algún factor de riesgo asociado: el contacto con animales fue el principal factor de riesgo en 39/52 pacientes (75%). El examen directo fue positivo en el 87% y el cultivo para hongos en el 92% de los casos comprobados. El agente etiológico más frecuentemente aislado fue Microsporum canis (86%), seguido con una amplia diferencia por Microsporum gypseum(4%), Trichophyton tonsurans (3%), Trichophyton mentagrophytes (3%), Microsporum audouinii (3%) y Microsporum spp. (1%). Conclusión : Nuestros resultados representan una casuística importante para la epidemiología de la tinea capitis en Colombia. En ausencia de estudios más extensos en cobertura geográfica y en población estudiada que permitan conocer la incidencia real de esta micosis en nuestro medio, estos datos deben ser considerados como aporte valioso en el conocimiento de los agentes etiológicos de tinea capitis más frecuentes en el país.

Introduction: There are few written reports on the epidemiology of tinea capitis in Colombia. Objective: To undertake a retrospective study (1994-2013) aimed at describing the behavior of this mycosis and its etiological agents, using a series of patients referred to a specialized diagnostic center in Medellin, Colombia. Methods: This is a retrospective study in which the records were analysed of patients from 1994-2013, who were referred for mycological studies (direct examination and culture) to the Medical and Experimental Mycology Unit of the Corporación para Investigaciones Biológicas (CIB) with the clinical suspicion of tinea capitis. Results: In this period, 415 patients with clinical suspicion of tinea capitis were reported, of which 133 cases were confirmed by the laboratory (32%); most patients 124 (93%) were children, mostly boys 89 (67%). In terms of associated risk factors there was information from 52 confirmed cases, of which 39 (75%) had contact with animals. Direct examination was positive in 87% and fungal culture in 92% of confirmed cases; the etiologic agent most isolated was Microsporum canis (86%), followed by Microsporum gypseum (4%), Trichophyton tonsurans (3%), Trichophyton mentagrophytes (3%), Microsporum audouinii (3%) and Microsporum spp. (1%). Conclusion: Our results represent an important casuistry for the epidemiology of tinea capitis in Colombia. In the absence of more extensive studies on geographic coverage and population characteristics that reveal the true incidence of this mycosis in our country, these data should be considered a valuable contribution to the understanding of the most frequent etiologic agents of tinea capitis in Colombia.

Evaluación de la susceptibilidad de especies de Candida al fluconazol por el método de difusión de disco / Resistance to fluconazol by Candida species detected using the disk diffusion method

Las infecciones causadas por levaduras del género Candida han aumentado en forma dramática en las últimas décadas, especialmente a nivel hospitalario. Paralelamente con este aumento, se ha notado la aparición de resistencia a los antimicóticos, así como la selección de especies diferentes a Candida albicans, todo lo cual ha hecho necesaria la estandarización de pruebas de susceptibilidad in vitro. Entre las varias pruebas disponibles está la de difusión en agar con discos impregnados de antifúngicos, cuya lectura se hace electrónicamente (BIOMIC), lo que proporciona indicaciones objetivas de la concentración inhibitoria mínima (CIM). Se realizó el estudio para determinar la sensibilidad in vitro al fluconazol de 2.139 aislamientos de especies de Candida provenientes de pacientes atendidos en consulta externa o en salas de hospitalización de centros asistenciales en Colombia, Ecuador y Venezuela (región CELA). Candida albicans fue el microorganismo más frecuentemente aislado (62 por ciento), seguido a distancia por Candida parapsilosis (11 por ciento) , Candida tropicalis (8,5 por ciento), Candida glabrata (3,5 por ciento) y Candida krusei (2,2 por ciento). La CIM demostró que el 88,1 por ciento de estos aislamientos eran susceptibles al fluconazol, 5,1 por ciento eran susceptibles-dosisdependiente y 6,8 por ciento resistentes. El 92,1 por ciento de la especie C. albicans fue susceptible mientras que la resistencia al fluconazol fue más notoria en las restantes especies. El BIOMIC es un método r pido y sencillo para la vigilancia epidemiológica de resistencia en levaduras del género Candida ecuperadas de pacientes atendidos en centros hospitalarios.

Paracoccidioidomycosis and AIDS: report of the first two colombian cases

Relato de dois primeiros casos de pacientes colombianos com AIDS e paracoccidioidomicose. Os pacientes, ambos masculinos, nao tinham conhecimento do fator de risco por HIV, embora tivessem no passado trabalhado no campo onde poderiam ter sido infectados por fungos. Eles tiveram o tipo juvenil da doenca em varios orgaos com sintomas de curta duracao. Eles estavam profundamente imunodeprimidos, com menos de 100 CD4 T linfocitos por mL; todavia, os testes sorologicos revelaram anticorpos circulantes anti-Paracoccidioides brasiliensis em um dos pacientes e os primeiros indicios diagnosticos vieram destes testes. Em um caso, a micose precedeu o diagnostico da AIDS enquanto que no outro, ambas patologias foram descobertas simultaneamente. A terapia antimicotica com itraconazole, foi dada por 10 meses, comecando com 200mg/dia e seguida por 100mg/dia; foi notada pronunciada melhora nos sintomas e sinais da micose, sem recorrencia...

In vitro susceptibility testing of Fonsecaea pedrosoi to antifungals

Baseado nas dificuldades experimentadas no sucesso do tratamento da cromoblastomicose, 12 isolamentos humanos primarios do F. pedrosoi foram examinados para a sua suscetibilidade in vitro aos varios antifungicos. Nos adaptamos as recomendaçöes da NCCLS feitas para leveduras e, seguimos as indicaçöes para fungos filamentosos testados dadas por outros autores para as determinaçöes dos MIC's e dos MCLS. Nossos resultados mostraram que uma proporçäo significativa dos isolados testados foi resistente a tres ou quatro dos antifungicos experimentados, como revelaram os altos valores do MIC; assim, 33 por cento dos isolados foram resistentes a anfotericina-B (AMB) 58,3 por cento a fluorocitosina (5FC) e 66,7 por cento ao fluconazole (FLU); pelo contrario, nenhum dos isolados examinados mostrou-se resistente ao itraconazole (ITZ)...

El caso de infecciosas: estudio comparativo de la sensibilidad in vitro a los antimicóticos de cepas de candida albicans aisladas de pacientes con vaginitis crónica y aguda / The case of infectious diseases: comparative study of the in vitro susceptibility to antifungal strains of Candida albicans isolated from patients with acute and chronic vaginitis

En el presente estudio se analizaron las CIM y las CLM de 20 aislamientos de C. albicans, obtenidas de pacientes con vaginitis aguda y crónica. Los antimicóticos y las concentraciones usadas fueron las siguientes: anfotericina B (0.03 -16 µ/mi), ketoconazol (0.03 16 µ/mi), fluconazol (0.125 -64 µ/ml) e itraconazol (0.018 -10 µl/mi). La técnica empleada fue la macro-dilución en tubo del NCCLS, de Estados Unidos. Los resultados indicaron que las CIM de todos los aislamientos, tanto de casos agudos como de crónicos, estaban dentro del rango de sensibilidad aceptado para la prueba y que aún las con concentraciones más bajas eran inhibitorias. Por el contrario, ninguno de los aislamientos alcanzó su CLM con las concentraciones de fluconazol y de itraconazol empleadas; sin embargo, con el ketoconazol, se alcanzaron concentraciones letales para la mitad de los aislamientos obtenidos de los casos agudos y de los crónicos. Algo similar se observó con la anfotericina B, ya que el 75 y el 90% de los aislamientos de casos agudos y crónicos, respectivamente, alcanzaron su CLM.

Estos resultados indican que en la candidiasis vaginal, la cronicidad y la recurrencia no son debidas a resistencia del agente etiológico a los antimicóticos empleados en el tratamiento. Debe recordarse, sin embargo, que la mayoría de los antimicóticos son fungistáticos y que la cooperación de las defensas inmunes del paciente, es necesaria para obtener su curación; por ello las fallas terapéuticas podrían también atribuirse al paciente. A pesar de lo anterior, las altas CLM obtenidas, podrían sugerir un cambio de antimicótico, o el uso de una combinación de los mismos, con el objeto de alcanzar éxito en la terapia.